अकादमी के 7 प्रत्यक्ष कर क्षेत्रीय प्रशिक्षण संस्थान देश के विभिन्न भागों के माध्यम और कनिष्ठ स्तर के अधिकारियों को प्रशिक्षण देने में सहयोग देते हैं ।

कर्मचारिया के प्रशिक्षण में लगे 26 लिपिक वर्गीय कर्मचारी प्रशिक्षण एककों, के कार्यकलापों का पर्यवेक्षण भी क्षेत्रिय प्रशिक्षण संस्थान करते हैं।

इन संस्थानों में राष्ट्रीय स्तर पर विशिष्ट कार्यक्रम भी आयोजित किए जाते है ।